Le réveil de 1947 sera décisif et officialisera la présence des Sciences historiques au fronton de notre Revue périodique. Autour d'Henri Parriat -qui redynamise l'association- et de quelques amis, se constitue une équipe fervente de jeunes lycéens et étudiants. L'activité se tourne de plus en plus vers l'archéologie et l'histoire. De nombreux chantiers de fouilles sont ouverts sur des sites préhistoriques, protohistoriques, gallo-romains et mérovingiens. En sciences naturelles, les travaux s'orientent plutôt vers l'étude de la flore et de la faune fossile du bassin houiller. Une exposition mycologique a lieu chaque année. Les résultats de tous ces travaux sont publiés dans le bulletin (ou revue) de la société, devenu semestriel.
En décembre 1975, la disparition subite d'Henri Parriat, homme-orchestre de l'association, oblige les jeunes gens qu'il a formés à se partager les responsabilités. La Physiophile continue et amplifie même son activité. En 1977, la ville met à sa disposition un local spacieux, rue Jules Guesde, où le fonds documentaire d'Henri Parriat, légué à l'association par ses héritiers, peut être installé. L'organisation de permanences permet aux adhérents et au public de consulter ce fonds qui constitue l'ossature de notre bibliothèque. L' atelier de restauration du matériel archéologique est créé en 1978 et le Musée des fossiles en 1981. La Physiophile devient partenaire de l'Ecomusée. L'histoire locale s'enrichit de nombreux articles concernant les XIXe et XXe siècles. De nombreuses fouilles officielles, généralement programmées, se poursuivent très activement jusqu'en 1992 sur des sites gallo-romains et mérovingiens. Malheureusement, une profonde crise affecte l'archéologie depuis 1992, provoquée par la création d'un corps monopolistique d'archéologues professionnels (l'A.F.A.N., transformée ensuite en I.N.R.A.P.) et la promulgation d'une loi draconienne sur l'archéologie préventive, loi qui a conduit à la disparition complète des fouilles de proximité, pourtant peu onéreuses, qu'assuraient efficacement les bénévoles. Les conséquences sont doublement dommageables. D'une part, en privant le grand public et la jeunesse de l'accès direct à leur patrimoine local, on éloigne un peu plus les français de la culture. D'autre part, la démobilisation des amateurs -qui assuraient auparavant une surveillance efficace de la plupart des sites recensés-, conduit inévitablement au pillage de ces derniers et à leur destruction prématurée.
Parallèlement, la fermeture progressive puis totale de la mine, a provoqué l'arrêt des recherches géologiques de terrain. En 2006, le Musée des fossiles doit fermer ses portes pour être transformé en logements locatifs. Confrontés à la disparition progressive et imposée de leur espace d'activité, les archéologues et géologues bénévoles de la Physiophile ne peuvent plus que s'orienter vers la prospection (au sol ou aérienne), publier de rares études ponctuelles à la faveur de découvertes fortuites, proposer des conférences et des expositions, ou bien opter pour de longs travaux universitaires de synthèse. C'est ainsi que plusieurs auteurs, dans des domaines différents, ont vu leurs recherches consacrées par des soutenances de thèses :
- H. Gaillard de Sémainville : Les cimetières mérovingiens de la Côte chalonnaise et de la Côte mâconnaise (1980).
- J. Langiaux : Flores et faunes des formations supérieures du Stéphanien de Blanzy-Montceau (1984).
- M. Maerten : L'habitat fortifié médiéval en Bourgogne dans le baillage de Charolles (1987).
- J.-P. Valabrègue : Le français régional parlé et écrit dans le bassin minier de Montceau-les-Mines (S-et-L) : archaïsmes, emprunts et invention verbale (1997).
- J.-C. Notet : La production de sigillée et de céramique fine gallo-romaine de Gueugnon (S-et-L) (2000).
Au cours de l'année 2009, la Physiophile a été contrainte de quitter les locaux de la rue Jules Guesde, vendus par la ville, et a été transférée dans un nouveau local adossé à la médiathèque, certes plus moderne, mais malheureusement beaucoup trop exigu pour accueillir correctement notre bibliothèque et nos archives (le laboratoire de restauration ayant été fermé). L'accès à ce local est situé au fond d'une cour privée, au n° 58 du quai Jules Chagot. Une permanence y est assurée le lundi et le mercredi de 9h à 12h. Il a servi également de base à l'antenne montcellienne du service éducatif de l'Écomusée de la CUCM.
La ville a affecté en 2018/19 la totalité de la Grande halle des Ateliers du jour (située tout à côté), à l'installation d'un vaste projet muséal proposé par la Physiophile, le Paléorama, intégrant le Musée des fossiles fermé en 2006 (fossiles et plan-coupe sur verre), de nouvelles présentations numériques, ainsi qu'un exceptionnel dépôt offert par le Museum de Lille (reconstitution en taille réelle d'une forêt houillère). Les ressources humaines de l'association étant en forte baisse, la gestion "muséale" de ce patrimoine devra être repensée en partenariat avec les collectivités concernées.